Personale

Francesca A. Cupaioli

Ricercatore
E-Mail

francescaanna.cupaioli@cnr.it

TELEFONO

NA

SEDE

Segrate

Stanza (piano/numero)

6/04

Sono ricercatrice presso l’Istituto di Tecnologie Biomediche (ITB) del CNR e utilizzo tecnologie omiche di ultima generazione integrando competenze sperimentali e computazionali. Combino biologia molecolare e analisi computazionale avanzata, con particolare attenzione all’interpretazione funzionale dei dataset multi-omici applicata allo studio delle malattie neurologiche e dell’immunologia del cancro. La mia attività comprende l’intero workflow volto alla generazione e analisi di dati omici: dalla preparazione di campioni per analisi trascrittomica single-cell e dalla gestione delle fasi sperimentali, fino all’analisi e all’interpretazione di dati single-cell, bulk RNA-seq e spatial transcriptomics, nonché all’integrazione di diverse omiche. I miei principali interessi scientifici riguardano la neurodegenerazione, la neuroinfiammazione e le dinamiche del microambiente tumorale, con l’obiettivo di identificare meccanismi patogenetici e di farmaco-resistenza e contribuire allo sviluppo di strategie terapeutiche innovative. Ho collaborazioni nazionali e internazionali, principalmente con Università degli Studi di Milano Statale, Università di Pavia, Istituto Nazionale Genetica Molecolare e Università Vita e Salute San Raffaele.

Analisi trascrittomica di cellule tumorali, cellule staminali, organoidi, tessuti umani e murini in modelli di malattia.

Preparazione dei campioni e delle librerie per sequenziamento di nuova generazione (bulk, single‑cell, small e non‑coding RNA).

Sviluppo, applicazione e ottimizzazione di pipeline automatizzate per l'analisi di dati genomici, epigenomici e trascrittomici per studi su larga scala.

Implementazione e applicazione di pipeline di analisi automatizzate per l'analisi di dati di trascrittomica di massa, single-cell e spaziali.

Analisi computazionale e sviluppo di pipeline per dati genomici (bulk, single‑cell, spatial genomics).